La sede istituzionale del Parco si trova all'interno del corpo centrale dell'ex colonia penale di Tramariglio e precisamente nel cuore del carcere vero e proprio. Concesso al Ministero di Grazia e Giustizia allo scopo di realizzare una colonia penale agricola provvisoria, il nucleo di Tramariglio era destinato a divenire un insediamento abitativo collegato all’area da bonificare.

Oggi, in quelli che erano i corridoi, le diramazioni e le celle della vecchia struttura carceraria sorgono una serie di percorsi museali interattivi, oltre a un giardino botanico di straordinario interesse biologico e naturalistico.